O NEPA nasceu dentro da Universidade Estadual do Ceará – UECE, em agosto de 1996, envolvendo academicos de medicina veterinaria e professores/professoras, dispostos a trabalhar com a agricultura familiar e, juntos, agregar valor aos saberes locais, pela experiencia vivida, na convivencia com as comunidades. As pesquisas iniciais foram realizadas no campus da UECE, com a implantação de minhocario, laboratorio móvel – LaboMóvel, processamento de produtos de origem animal, sincronização de cio, inseminação artificial, transferencia de embriões. O manejo de suinos, bovinos, caprinos, ovinos, ecologicamente sustentável, aconteceu numa propriedade de um agropecuarista, proxima ao CEASA/CE, na qual foi cenario importante para professores e professoras dar aulas praticas, em situação real, de varias disciplinas para academicos de diferentes semestres letivos.

A convite do INCRA/CE, em julho/96, teve-se o primeiro contato com o assentamento federal do Capim Grosso/Caucaia/CE, culminando, apos sete meses de encontros com a participação de 53 famílias, o primeiro projeto de agropecuária orgânica. Aprovado o projeto, criou-se uma agenda de formação, atividades e viagens dessas familias - homens, mulheres, crianças e jovens - para visitar outras familias de outros municipios e, visitas para a EMBRAPA/Sobral/CE. Nesta epoca no Ceará, não havia nenhum hectare de agricultura e de pecuaria, produzindo com base em principios ecologicos. Os pastos foram implantados em matas e capoeiras com base no manejo agroecologico, evitando o desmatamento e as queimadas. Paralelamente, acontecia na Chapada da Ibiapaba, nos municipios de Guaraciaba do Norte, São Benedito, Ubajara,Tianguá e Viçosa a conversão de familias agricolas ao sistema de agroecologia.

O programa Nordeste Rural, da TV Verdes Mares, afiliada da rede Globo, documentou essas atividades em sete gravações ao longo de um ano e, de outros eventos nos anos seguintes. Com base na missao, era preciso assegurar a produção e a sustentabilidade dessas familias, o NEPA participou da fundação da ADAO – Associação para o Desenvolvimento da Agropecuaria Organica, em Fortaleza/CE, associando agricultores e consumidores numa rede de produção  de alimentos e produtos de origem animal, ecologicamente sustentáveis.